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珍貴實驗數據誤刪除!他險些錯失一篇Nature論文—新聞—科學網

    作者:李清波 來源:中國科學報 發布時間:2023/6/29 19:59:55 選擇字號:小 中 大
    珍貴實驗數據誤刪除!珍貴他險些錯失一篇Nature論文

     

    珍貴實驗數據誤刪除!他險些錯失一篇Nature論文—新聞—科學網

    2020年,實驗數據告別曼哈頓島的誤刪文新聞科繁華和國外導師穆薩教授,陳凌峰結束了紐約大學朗格尼醫學中心的除險錯失訪學生涯,準備回國了。學網

    在國內,珍貴他已經聯系好了入職單位,實驗數據他的誤刪文新聞科愛人更是臨盆待產。然而,除險錯失歸家心切的學網他,因一個誤操作險些丟失自己2年來的珍貴研究數據。

    臨行前,實驗數據陳凌峰的誤刪文新聞科蘋果筆記本電腦里保存著2年來的珍貴數據——三個四元復合物的蛋白質結構信息,包括原始數據、除險錯失整理好的學網實驗數據、制作好的圖表。

    “因為存儲空間出現問題,我還特意將桌面文件備份至硬盤后,再將文件清空。桌面文件都是通向云端空間的鏈接,我滿心以為刪除掉鏈接,文件還存儲在云端,不會丟,結果刪除后云端的文件直接消失了,而硬盤備份的文件卻是無法使用的鏡像文件。”陳凌峰平淡地敘述曾經讓自己絕望的往事。

    回國后,陳凌峰跟隨博士導師梁廣研究員入職杭州醫學院,擔任特聘研究員,卻經常著急地往蘋果公司售后跑,去詢問數據恢復情況。

    最終得知無法恢復后,他連續數天,懊惱、悔恨、郁悶襲上心頭。

    所幸,之后的大半年里,陳凌峰在與穆薩教授的聊天記錄、優盤、Email、OneDrive中,逐步找回了絕大部分資料,一個重要研究成果“續上了命”。

    吃一塹長一智,陳凌峰現在每周備份一次實驗數據。他毫不避諱地講述自己犯過的低級錯誤,提醒同行不要像自己一樣。

    3年后的6月7日,這項成果在Nature期刊在線發表,首次解析了內分泌型成纖維細胞生長因子(FGF)激活受體的分子機制,為糖尿病、慢性腎病和脂肪肝等代謝性疾病治療藥物的研發提供了重要結構基礎。陳凌峰為論文第一作者,他所在的杭州醫學院首次以主要完成單位(排名第二)在Nature發表論文。

    陳凌峰在穆薩教授實驗室處理FGFR高表達細胞。受訪者供圖

     科研“機密”不方便說

    在用冷凍電鏡解析蛋白質結構的科研圈里,有個大家都知曉的常識,就是蛋白質濃度越高,冷凍電鏡下能看到的蛋白顆粒越多,就越容易解析。

    但是,這對陳凌峰要破解的蛋白質來說,行不通。

    陳凌峰想知道FGF配體、受體、共受體是如何組裝成一個從未被人發現過的四元復合物,其中誰是參與者,誰是主導,誰不可或缺,誰先來誰后到,要回答這些問題,分析它們精準的結構必不可少。

    結構生物學家解析蛋白質結構,比較先進的辦法就是給“蛋白質”拍個立體照片,解析三維結構。

    分析用的高純度蛋白質復合物要求質量過關、穩定性強。在解析FGF信號激活機制模式之前,陳凌峰花費了大量的時間精力,用來純化蛋白。接下來,應該進一步濃縮蛋白質,把樣品均勻分散在樣品載網上,拿到冷凍電鏡下去測試。

    但在濃縮這一步,陳凌峰被卡住了。他們的蛋白質都是擠成一坨,無法分開,“怎么拍都不完美,試了很多次。”

    因為研究對象的特殊,最后一步著實難倒了陳凌峰,“我們還請教了世界上冷凍電鏡最權威的專家,也沒有辦法”。

    球到了禁區里,只差臨門一腳。

    陳凌峰認為,純化之后就不能再濃縮蛋白了,于是他獨辟蹊徑,終于順利拿到完美的樣品和結構信息。

    然而,關鍵一步如何操作?陳凌峰不愿意展開多說了,“涉及課題組機密,感興趣的可以私下聯系我。”

    憑借著“獨門絕技”,陳凌峰所在課題組一口氣拿到三個四元復合物結構信息。

    做科研有時候需要“緩一緩”

     2020年,陳凌峰的關鍵詞除了低落,還有高光。

    那一年,他還發表了一篇重磅研究成果,意外地加快了這篇Nature論文的進程。

    溫州醫科大學教授、中國工程院院士李校堃稱贊2023年這篇論文:完成了FGF信號激活胞外區域的“最后一張拼圖”。前兩張“拼圖”,一個是陳凌峰的師兄、溫州醫科大學教授陳高幟作為一作,在2018年發表在Nature的論文,陳高幟也是這篇新發Nature論文的通訊作者;另一個是陳凌峰2020年作為一作,發表在Nature Chemical Biology的成果。結合前期的兩個重要成果,最新的這篇論文給FGF信號激活機制研究畫上了一個小句號。

    高產的背后,既是團隊獨步該領域的實力使然,也是陳凌峰個人的機遇和努力。

    2018年,與師兄短暫相聚后,陳凌峰獨自留在了穆薩教授的實驗室,在老師的指導下開始試圖揭秘四元復合物的結構信息。在FGF領域,穆薩教授的實驗室幾乎是全世界最成熟的實驗室。

    前半年,陳凌峰只做了一件事,每天早上鉆進實驗室,晚上出來,表達四元復合物蛋白之一αKlotho蛋白和FGF23,每天進行著鋪板、消化、再鋪板,培養、表達、收回、純化的重復性工作。

    “大概半年時間,一直沒有好的結果,做成這個樣,穆薩教授都已經快放棄了。”出師不利,陳凌峰心情也不好。

    一天組會上,穆薩教授和陳凌峰討論起來,當細胞膜外的四元復合物分子組裝完成后,兩個FGFR受體會在細胞膜內互相磷酸化,這一過程的解析當時也是未解之謎。

    于是,陳凌峰在穆薩教授的指導下調轉方向,成功發現FGFR激酶域非對稱的磷酸化機制,并發表論文。

    陳凌峰總結說,“當時就是繃得太緊,做實驗不順利時可以緩一緩,換一個“風景”,回頭看思路說不定就打開了。”

    這時候再回頭看細胞膜外的工作,再也不像以前那樣鉆牛角了。

    心情大好的陳凌峰膽子也大了起來,實驗的規模逐漸增大,微調了以往的試驗方法,一鼓作氣,成果的前半部分完美攻克。

    “做科研可能真的不能橫沖直撞,欲速則不達。”陳凌峰說。

     兩項成果“被迫”合為一篇論文

    付麗麗正在實驗室收樣。受訪者供圖

    做結構生物學的科學家,最害怕自己手里握著一個蛋白質結構正在研究,而別人搶發了論文,幾年付出煙消云散。

    這篇Nature論文一作之一、溫州醫科大學博士生付麗麗也曾在穆薩教授的實驗室工作過。幾年來,她養成了一個習慣,每周固定時間都忐忑地打開電腦,刷新網頁,看自己研究的領域有沒有新的成果發出來。

    那幾年,付麗麗做實驗的那根弦,時刻繃得緊緊的。

    穆薩教授和陳凌峰解析出四元復合物結構信息后,需要在哺乳動物細胞內進行驗證,驗證模型是否準確,后續工作量非常龐大。FGF配體共有18個成員,分為5個旁分泌亞家族和1個內分泌亞家族。付麗麗負責旁分泌亞家族工作,其他參與者負責內分泌家族工作。

    因為要表達的蛋白的特殊性、WB的指標特別多,課題組有時候一天用掉160盤150mm超大培養皿,抗體的量也消耗得很快,還有血清、試劑盒等等,經費在持續燃燒。

    2022年8月份,論文進入投稿階段。

    由于成果扎實,創新點多,論文匿名評審進展得非常順利,甚至有審稿人提前恭喜課題組。結果,收到審稿人第三輪意見后,本以為十拿九穩的事情,忽然又生事端。

    “有一位審稿人‘威脅說’,你們要是不把旁分泌家族的驗證工作也加進來,我就不同意發表。”這一要求打亂了課題組原來的計劃。

    付麗麗說,“我們本想把內分泌亞家族的工作做扎實了,配合四元復合物的結構解析發布一篇論文,之后再慢慢研究旁分泌家族的工作。原來,可以發兩篇高水平論文的計劃擱淺,不得不把新的實驗數據補充進論文。”

    旁分泌家族比內分泌家族龐大。單就此課題的質粒構建,付麗麗就構建了300個左右,同時質粒轉染到細胞過程的過程中,篩選需要歷時一個月。“為了復刻信號激活傳導的過程,我們同時需要培養20-30種轉染了不同質粒的細胞,它們長相一樣,但是突變不一樣,如果稍微不留神出錯,四五天以后才會發現,即使發現了也可能需要再花一個月乃至更久的時間去糾正,非常浪費時間。所以我們每次操作都需要很小心謹慎,再三確認,細胞房一呆就是一個半天”。

    經歷了大年三十的“突擊”,擠出午飯時間做科研……付麗麗超額完成了論文發表所需要的工作量。

    工作雖然扎實,但是論文篇幅有限,付麗麗只能挑選一小部分最具代表性的細胞工作和統計表格、圖片傳到論文上。

    付麗麗坦言,整個課題組五年來幾乎沒有像樣的成果,周圍打聽自己正在做什么的人越來越多,壓力越來越大。但是論文真正發表后,延遲的喜悅其實沒有剩下多少。

    “能讓我們再次激動起來的,估計只有下一個重磅成果了。”現在,課題組已經瞄準了新的目標,開始了下一個研究計劃。

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